Es gibt zahlreiche pilzliche Krankheiten, die den Tabak sowohl auf dem Feld als auch im Trockenschuppen befallen. Die bedeutendste Pilzkrankheit im Tabakanbau ist der Blauschimmel (Peronospora tabacina), der praktisch in allen Tabakanbaugebieten große Schäden verursacht.
P. syringae pv. glycinea ist der Erreger des Bakterienbrandes. Die typischen Symptome dieser Krankheit sind wasserdurchtränkte Flecken auf der Blattoberfläche, die sich im Verlauf der Krankheit in nekrotische, von chlorotischen Höfen umgebene Zonen umwandeln.