Es gibt zahlreiche pilzliche Krankheiten, die den Tabak sowohl auf dem Feld als auch im Trockenschuppen befallen. Die bedeutendste Pilzkrankheit im Tabakanbau ist der Blauschimmel (Peronospora tabacina), der praktisch in allen Tabakanbaugebieten große Schäden verursacht. Weitere Blattkrankheiten sind Alternaria alternata und der Echte Mehltau (Erysiphe cichoracearum), die je nach Jahr und Region zu großen wirtschaftlichen Schäden führen. Sclerotinia sclerotiorum befällt die Pflanzen sowohl im Feld, verursacht aber auch den so genannten Dachbrand (Rippenfäule bei der Trocknung).
Eine wichtige Pilzkrankheit der Wurzeln ist die Wurzelbräune (Thielaviopsis basicola), die besonders in kühleren Anbaugebieten problematisch ist. Seit mehreren Jahren ist in fast allen deutschen Anbaugebieten ein verstärktes Auftreten von Rhizopus oryzae während des Vergilbungsprozesses in den Trocknungsöfen zu beobachten. Ohne den Einsatz von Fungiziden wäre ein wirtschaftlicher Tabakanbau nicht möglich. Doch auch hier gibt es Anstrengungen ihren Einsatz zu vermindern und alternative Bekämpfungsmöglichkeiten zu entwickeln.
Die einzig bedeutsame Bakterienkrankheit ist das Wildfeuer (Pseudomonas syringae pv. tabaci). Darüber hinaus sind an Tabak auch zahlreiche Viruskrankheiten bekannt, und zwar das Kartoffel-Y-Virus (PVY), das Tabakmosaikvirus (TMV) und das Gurkenmosaikvirus (CMV). Die Bekämpfung der Vektoren und phytosanitäre Maßnahmen sind die einzigen Möglichkeiten, die Viruskrankheiten unter Kontrolle zu halten.
