Es gibt zahlreiche pilzliche Krankheiten, die den Tabak sowohl auf dem Feld als auch im Trockenschuppen befallen. Die bedeutendste Pilzkrankheit im Tabakanbau ist der Blauschimmel (Peronospora tabacina), der praktisch in allen Tabakanbaugebieten große Schäden verursacht.
Das Gurkenmosaik führt weltweit zu großen Schäden im Tabakanbau. Bedeutung erlangt das Gurkenmosaikvirus vor allem in der Tabakproduktion in den europäischen Ländern.
