Pilze können den Raps umfangreich befallen. In langjährigen Rapsfruchtfolgen oder Fruchtfolgen mit bis zu 33 % Rapsanteil ist stets mit einem stärkeren Krankheitsdruck zu rechnen, und in küstennahen, niederschlagsreichen Gebieten ist ein wirtschaftlich relevantes Auftreten der Rapskrankheiten häufiger.
Typische Fruchtfolgekrankheiten sind die Wurzelhals- und Stängelfäule (Phoma lingam), die Weißstängeligkeit (Sclerotinia sclerotiorum) und die Kohlhernie (Plasmodiophora brassicae) sowie die Rapswelke (Verticillium longisporum).
Unter ungünstigen Witterungsbedingungen können folgende Pilzkrankheiten auftreten: Grau- oder Weißfleckigkeit (Cylindrosporium concentricum), Rapsschwärze (Alternaria brassicae), Grauschimmel (Botrytis cinerea) sowie der Falsche Mehltau (Peronospora parasitica).
