Es gibt zahlreiche pilzliche Krankheiten, die den Tabak sowohl auf dem Feld als auch im Trockenschuppen befallen. Die bedeutendste Pilzkrankheit im Tabakanbau ist der Blauschimmel (Peronospora tabacina), der praktisch in allen Tabakanbaugebieten große Schäden verursacht.
Das Tabakmosaikvirus führt weltweit zu großen Schäden im Tabakanbau. Insbesondere durch seine leichte Übertragung kann sich das Virus im Bestand stark ausbreiten. Die Ertragverluste durch das Virus können bis zu 60 % betragen, wenn die Infektionen zur Zeit des Auspflanzens erfolgen.
