Die Sonnenblume kann von einer Vielzahl an Pilzen befallen werden. Es wird angenommen, dass bis zu 12 % des Ertrages jedes Jahr durch einen Krankheitsbefall verloren geht. Das Vorkommen einzelner Pilze und das Ausmaß der Schädigung sind unter den verschiedenen Klimaverhältnissen und geographischen Lagen sehr unterschiedlich. Die starke Ausdehnung des Sonnenblumenanbaus in vielen Gebieten der Erde hat allerdings dazu geführt, dass die pilzlichen Erreger durch Neubildungen von pathogenen Rassen stark zugenommen haben.
Die wichtigsten Pilzkrankheiten in Deutschland sind die Wurzel-, Stängel- und Korbfäule (Sclerotinia sclerotiorum), der Grauschimmel (Botrytis cinerea) und der Falsche Mehltau (Plasmopara helianthi).
Im Sonnenblumenanbau gibt es nur wenige Bakterien- und Viruskrankheiten und diese spielen nur in bestimmten Klimagebieten eine Rolle. Von Bedeutrung sind die bakterielle Blatt- und Stängelfäule (Pseudomonas cichorii und Ps. syringae) und das Sonnenblumenmosaik (sunflower mosaic disease).
