Der Roggen zählt im Vergleich zu Weizen und Gerste zwar zu den weniger anfälligen Getreidearten, allerdings können einige Pilzkrankheiten und Virosen beim Roggen Ertragsverluste verursachen.
Der Roggen ist insbesondere durch den Schneeschimmel (Michrodochium nivale), die Halmbruchkrankheit (Pseudocercosporella herpotrichoides) und die Schwarzbeinigkeit (Gaeumannomyces graminis) gefährdet.
Blattkrankheiten des Roggens werden vor allem durch die Erreger des Echten Mehltaus (Erysiphe graminis), der Rhynchosporium-Blattflecken (Rhynchosporium secalis), des Roggenbraunrostes (Puccinia recondita) sowie des Schwarzrostes (Puccinia graminis) verursacht.
Roggen besitzt eine sehr geringe Anfälligkeit gegenüber Ährenfusariosen (Fusarium culmorum), und auch der Roggenstängelbrand (Urocystis occulta) ist eher unbedeutend. Problematisch im Roggenanbau ist aber der Befall durch Claviceps purpurea (Mutterkorn).
Bodenbürtige Viren stellen derzeit die größte Bedrohung für den Roggenanbau dar, dazu gehören: Wheat spindle streak mosaic virus (WSSMV), Soil-borne cereal mosaic virus (SBCMV) sowie Soil-borne wheat mosaic virus (SBWMV).
