Die Gerste wird von einer Vielzahl von wirtschaftlich bedeutenden Krankheiten befallen. Pilzliche Erreger verursachen Fuß-, Blatt- und Ährenerkrankungen. Typische Fußkrankheiten sind die Schwarzbeinigkeit und die Halmbruchkrankheit. Die gefährlichste Blattkrankheit ist der Echte Mehltau. Rostpilze sind Erreger mit potenziell hoher Vermehrungsrate und hohem Schadvermögen.
Weitere wichtige Blattkrankheiten an Gerste sind die Netzfleckenkrankheit (Drechslera teres), die Rhynchosporium-Blattflecken (Rhynchosporium secalis), die Ramularia-Sprenkelkrankheit (Ramularia collo-cygni) und die Streifenkrankheit (Drechslera graminea). Fusarium-Arten wiederum verursachen an Gerste Auflaufschäden, Blatt- und Ährenerkrankungen.
Viruskrankheiten sind auch bei der Gerste bekannt, und zwar das Gelb-Verzwergungsvirus der Gerste (BYDV) und die beiden Gelbmosaik-Viren Gerstengelbmosaikvirus (BaYMV) und Milde Gerstenmosaikvirus (BaMMV) sowie das Weizenverzwergungsvirus (WDV). Die einzige bakterielle Krankheit ist die Bakterielle Spelzenbräune (Pseudomonas syringae pv. atrofaciens).
